L'episodio si apre con una macchina dei Carabinieri che sfreccia a sirene spiegate. All'interno il maresciallo, con un'aria preoccupata. Si sta recando presso un cantiere edile dove il barista Giuseppe Alfò minaccia il suicidio. Rocca sembra riuscire a dissuaderlo, ma la sera stessa Alfò viene ritrovato morto soffocato all'interno della sua auto. Il sostituto procuratore Mannino non ha dubbi: è suicidio; ma per Rocca ci sono alcune cose non chiare. Durante le indagini reincontra una sua vecchia fiamma, la moglie di Alfò, e una nuova fiamma, Margherita, che ha rilevato la farmacia vicino alla stazione dei Carabinieri. Nell'episodio impariamo a conoscere il Maresciallo, i suoi tre figli, è vedovo, l'indispensabile brigadiere Cacciapuoti e i carabinieri della stazione.
L'episodio è incentrato su una casa di riposo. Il maresciallo deve trovare un posto per dormire a Serafino, un vecchietto senza una lira che alla notifica dello sfratto ha minacciato di dar fuoco alla casa. Decide di mandarlo a Villa Rosa, casa che ha conosciuto indagando sull'incidente avuto da un'altra ospite. Ma la sera stessa la casa di riposo va a fuoco. Il principale sospettato è proprio Serafino, che muore nell'incendio. Ma per il maresciallo la pista è un'altra. Nel frattempo deve far capire al figlio più piccolo, Roberto, che non possono tenere Birillo, il cane di Serafino. Risolverà il caso.
Il corpo di una bella ragazza viene scaraventato fuori da un'auto in corsa, fra i campi: è giovanissima, massacrata di botte, senza documenti. Giacomo, il figlio del maresciallo Rocca, l'ha conosciuta in discoteca il sabato prima, insieme ad un'amica con un vistoso paio di stivali rossi. Così Rocca prima deve allontanare il sospetto che suo figlio possa avere qualcosa a che fare con la vicenda, e poi comincia ad indagare nel giro della prostituzione clandestina.
Indagando sul ricovero in ospedale di un bambino, probabilmente picchiato dal padre, Rocca finisce a Villa Bitosso, in periferia, e lì sorprende mezza città che conta, compresa la figlia del sindaco e alcune alte personalità, durante un festino. Lo scandalo è inevitabile: si parla di balletti rosa e le foto scattate da un reporter finiscono sulle pagine di tutti i giornali. Rocca, entrato nella villa senza mandato, questa volta rischia molto e ha contro tutti. Ma la morte violenta del fotografo riporta le indagini nella giusta direzione.
Rocca, preso dai problemi di Giacomo, trasferitosi in un'altra casa, dalla storia con Margherita, non si accorge, dei cambiamenti improvvisi all'interno della propria stazione: Antonio Fait uno degli uomini migliori, mostra segni di intemperanza, causa la tossicodipendenza della ragazza, che coinvolge non solo il giovane carabiniere, ma si tratta di un vero e proprio giro malavitoso. Di questo giro ne viene a sapere anche Rocca, e con il resto del gruppo fa irruzione in una cartiera abbandonata fuori la città, nel tentativo di prendere i trafficanti con le mani nel sacco, ma non c'è traccia di droga. La colpa dell'irruzione, viene attribuita a Claudia, la fidanzata di Antonio, che era andata a comprare una dose un attimo prima dell'arrivo di Rocca. Verrà accusata di aver dato la soffiata ai carabinieri, e sarà picchiata a sangue dai suoi puscher, perdendo anche il bambino che aspettava da Antonio. Questi, in preda alla rabbia, ritornerà nella cartiera abbandonata, con l'intento di affrontare gli aggressori e nello stesso tempo vendicarsi, ma verrà brutalmente ucciso. La scoperta del corpo, è un colpo duro per tutti, Rocca non dorme, non mangia, fa correre grossi pericoli al suo informatore Morissi, finché non riesce a catturare il mandante dell'omicidio e il resto del clan. La puntata si conclude, con il trasporto del feretro di Fait alla stazione, dove ritornerà nel paese natale per le esequie.
Alla stazione di Viterbo, arriva il carabiniere Michele Falcetti, venuto a sostituire Antonio Fait ucciso un mese prima. Nel frattempo Rocca ha dovuto rimandare l'esame per avanzare di grado a causa di una rapina in un supermercato, dove ha visto coinvolto Roberto, figlio più piccolo che viene preso in ostaggio, e Banti, rimasto gravemente ferito nel conflitto a fuoco con i rapinatori. Si batte a tappeto la zona, vengono attivate le unità cinofile, grazie anche a delle soffiate da parte di Morissi, Rocca riuscirà a ritrovare il figlio e ad arrestare i rapinatori, ma dovrà fare a meno di Cacciapuoti, colto da un infarto durante le perlustrazioni insieme al proprio Maresciallo. La puntata si conclude con una piccola festicciola e il congedo del Brigadiere Cacciapuoti per ragioni di salute.
Un'amica e compagna di scuola di Daniela scompare misteriosamente, le indagini porteranno Rocca a scoprire che la ragazza si era rivolta ad un infermiera che praticava aborti clandestini per interrompere una gravidanza non voluta: alla fine la ragazza verrà ritrovata a Roma dove si era rifugiata da alcuni amici per fuggire dal padre, legato morbosamente a lei e padre del bambino che la ragazza aspettava: seppur in congedo Cacciapuoti, sostituito dal Brigadiere Alfano, aiuta comunque privatamente Rocca nelle indagini.
Domenico Scala, un pericoloso delinquente, evade dal carcere di massima sicurezza durante un trasferimento. Rocca è in pericolo, perché Scala, ritenendolo responsabile del suicidio in carcere del fratello, ha deciso di vendicarsi.
Alla vigilia del matrimonio tra Rocca e Margherita ricompare l'ex marito della donna chiedendo all'ex moglie un incontro.La mattina dopo però,viene trovato morto in una camera in affitto;sul luogo viene trovato un pezzo del vestito di Margherita che la pone come sospettata numero 1; Rocca però convinto dell'innocenza della donna indaga scoprendo che i veri assassini dell'uomo sono i suoi complici in un furto avvenuto in una chiesa qualche giorno prima. Nonostante Margherita sia stata scagionata, il Capitano Aloisi impone a Rocca di rimandare il matrimonio finché l'opinione pubblica non avrà dimenticato definitivamente la vicenda.
Un barbone amico di Rocca viene trovato morto bruciato vivo; Rocca indaga su quella morte senza motivo, il titolare di una concessionaria si accusa del reato per coprire il figlio, ritenuto colpevole, ma Rocca non crede alla colpevolezza dell'uomo e dopo che il ragazzo perde la vita insieme alla sua ragazza in un incidente d'auto, Rocca scopre che i veri colpevoli sono alcuni amici dei due ragazzi, tra cui il fratello della ragazza, che volevano solo spaventare il povero Barbone e gli unici testimoni, un medico (Franco Castellano) e un'infermiera,che avevano taciuto per non rivelare la loro relazione clandestina.
Un travestito viene trovato morto nella piscina di un centro benessere. Inizialmente si pensa ad un infarto, ma Rocca sospetta di un omicidio e rinuncia al viaggio di nozze con Margherita per indagare, scoprendo che l'uomo è stato ucciso. Le indagini porteranno a scoprire che il colpevole è la moglie di un' insospettabile cardiologo che aveva una relazione con l'uomo.
Una giovane donna, madre di un bambino di pochi mesi, viene trovata morta, accoltellata su un parco, con un rebus accanto che potrebbe rivelare il nome della seconda vittima, che si rivela essere una delle sorelle del carabiniere Banti. Le indagini portano a sospettare di un bidello della scuola frequentata da Daniela, anche perché un 2º rebus rivelerebbe che la prossima vittima sia una sua compagna di scuola. Ma il rebus è stato mal decifrato e la prossima vittima è proprio Daniela. Rocca scopre però che il vero assassino è il professor Aleppi, preside della scuola. Grazie all'aiuto di Banti,dopo aver ucciso Aleppi a colpi di pistola,davanti agli occhi increduli del maresciallo,Rocca,riesce a salvare la figlia. Lo stesso maresciallo e la moglie Margherita, ottengono l'affidamento del piccolo Tommy, il figlio della 1º vittima.Intanto Giacomo, annuncia la maternità della fidanzata; Rocca sta per diventare nonno.
La figlia di un noto imprenditore viene rapita, Rocca indaga scontrandosi con la famiglia decisa a pagare il riscatto; alla fine Rocca scopre che il rapimento era stato organizzato dal marito insieme all'amante, che poi l'ha subito uccisa; il suocero dopo il ritrovamento del corpo della figlia perde la testa e uccide il genero con un colpo di pistola.
Mentre Rocca assiste all'esibizione della banda dell'Arma dei Carabinieri a Roma, uno scheletro viene ritrovato in un casale nelle campagne viterbesi. Nel frattempo alla stazione arriva un nuovo aggiunto, si tratta di Andrea Fait, fratello gemello di Antonio,assassinato 5 anni prima. Rocca nel portare avanti l'indagine, scoprirà che lo scheletro è di un militare che è stato ucciso perché questi voleva denunciare episodi di nonnismo da parte dei suoi compagni di corso, i quali hanno portato un loro commilitone al suicidio.
Il Maresciallo Rocca si trova a dover fronteggiare un'associazione mafiosa che gestisce un traffico d'immigrazione clandestina. L'episodio si apre con il viaggio di una giovane donna e di una bambina di pochi anni in viaggio su un gommone. A un certo punto, si vede una pistola e si sentono degli spari. Inoltre, un ex membro di questa associazione, Vinas, è un protetto della polizia. Si scopre che le due immigranti erano sua moglie e sua figlia. Dunque lui, assetato di vendetta, si metterà sulle tracce dei suoi ex colleghi, coinvolgendo anche una donna che verrà uccisa. I due traditori del gruppo mafioso (quelli che avevano fatto credere a Vinas che avrebbero aiutato la sua famiglia a viaggiare, e invece la distruggono) verranno uccisi, uno da Vinas e uno dagli altri membri del clan, e anche Vinas morirà. A questo punto i capi dell'associazione, vedendo al TG che questo maresciallo è troppo pericoloso, mettono in atto un terribile piano. Infatti, Margherita è terribilmente gelosa della dottoressa Ascari, a tal punto da piantare in asso il marito e andare a vivere con Tommy a casa della cugina. Avrà comunque luogo la riappacificazione tra i due dopo breve tempo. Margherita fa di tutto per farsi notare. Il Maresciallo Rocca, allora, per poter stare un po' di tempo con la moglie e farla tornare felice, decide di organizzare il viaggio di nozze che non avevano potuto avere. Margherita vorrebbe usare la sua auto, ma il maresciallo decide usare la propria, che si guasterà il giorno stesso della partenza, costringendo la coppia a ritardare il viaggio. Nel frattempo, sulla scena di un omicidio che si verifica il giorno stesso della partenza, viene mandato Rocca, che troverà un biglietto lasciato proprio per lui. Il testo di questo biglietto è: "Per il maresciallo Rocca". A questo punto, il maresciallo non potrebbe più partire, ma cerca di non farlo capire alla moglie, che è entusiasta, per cercare di non deluderla. La coppia decide di portare nel viaggio anche To
Sono passati mesi dalla morte di Margherita e Rocca non riesce a guardare avanti e non vuol saperne di riprendere il suo lavoro; dopo però che uno dei suoi uomini, Andrea Fait, resta gravemente ferito durante un'operazione, Banti scuote Rocca attaccandolo anche pesantemente per aver deciso di smettere di lottare; così Rocca finalmente torna al suo lavoro, ma la smania di vendetta lo porta a cadere nei falsi indizi che gli vengono buttati come esche dall'associazione criminale a cui dà la caccia obbligando il capitano De Santis a sospenderlo dal servizio. Rocca non demorde e, aiutato da Cacciapuoti e dai suoi uomini, riesce a risalire al covo della banda in Puglia. Smanioso di vendetta, si reca sul posto da solo a rischio della propria vita ma Cacciapuoti, fin troppo affezionato al suo superiore ed amico, informa Mannino e il Capitano De Santis delle sue intenzioni. Così Rocca trova sul posto le forze dell'ordine pronte ad intervenire, ivi compreso Marco trasferito precedentemente in Puglia. La banda di criminali viene totalmente sgominata, ma durante l'operazione Rocca rimane gravemente ferito; sarà l'amore del piccolo Tommy a dargli la forza di uscire dal coma. L'episodio si conclude con Rocca che viene premiato con l'encomio solenne consegnatagli da Mannino in una cerimonia ufficiale per aver sgominato la pericolosa organizzazione criminale.
È passato qualche anno dalla morte di Margherita (cioè nel terzo episodio della terza stagione), Rocca sul punto di trasferirsi in un'altra città decide di restare a Viterbo dove reincontra Francesca (Veronica Pivetti), figlia di un suo ex superiore, ora nuova maestra del figlio Tommy. Banti viene promosso brigadiere e entra in conflitto con Cacciapuoti che teme di perdere il posto a favore del più giovane collega. Intanto un proprietario di un'azienda tessile viene trovato morto in una discarica; Rocca indaga scoprendo che il vero luogo del delitto è la fabbrica dell'uomo in cui venivano sfruttati dei bambini come lavoratori; a sorpresa il padre di due di questi bambini, uno dei quali alunno di Francesca, si proclama colpevole dell'omicidio, per coprire i figli. Rocca però scopre che il vero colpevole è il figlio della vittima. L'episodio si chiude col matrimonio tra Daniela e Marco che si trasferiranno a casa del maresciallo, così un carabiniere e un poliziotto dovranno convivere sotto lo stesso tetto.
Il ragionier Duilio Modica (Pippo Santonastaso), un pensionato amico di Rocca, non si dà pace per la morte della moglie investita da un'auto pirata; Rocca però non prende troppo sul serio le segnalazioni fatte dall'uomo, che una sera viene trovato ucciso nel giardino di villa Marziale, residenza di un'importante famiglia viterbese. Rocca si trova costretto ad indagare nella vita dei vari componenti della famiglia, aiutato da Francesca che dà lezioni private alla nipote della padrona di casa; alla fine scoprirà che la colpevole è la domestica della villa, che aveva investito involontariamente la signora Modica in una folle corsa per portare in ospedale sua figlia, vittima di un aborto spontaneo dopo essere stata messa incinta dal datore di lavoro.
Un uomo viene trovato morto in un'auto fuori da un bowling, poco dopo anche una cameriera del locale, che aveva avuto una relazione con l'uomo, viene uccisa facendo ricadere i sospetti sul marito. Rocca però nutre dei dubbi, e si mette sulle tracce dell'unico testimone del primo delitto, un travestito. Contemporaneamente Giacomo torna a casa, lasciando dubbi sulla sua crisi coniugale. Il travestito che Rocca stava cercando inculca poi nel martesciallo il dubbio che Giacomo sia omosessuale. In realtà Giacomo ha solo scoperto i traffici illeciti del suocero e non sa come comportarsi con la moglie. Rocca, scoperto che colui che il testimone credeva suo figlio è in realtà il miglior amico di Giacomo, capirà che il vero colpevole dei delitti è il guardiano del locale, che voleva vendicare la morte del figlio.
Una misteriosa ragazza arrivata da Roma viene trovata accoltellata in un cespuglio; gli unici indizi sono un disegno e il numero telefonico di un albergo in cui un uomo l'aveva cercata. Rocca indaga sul passato della donna scoprendo che a 10 anni era stata rapita e il crack finanziario della famiglia a seguito del pagamento del riscatto aveva portato i genitori alla morte. Successivamente viene trovata morta la moglie del portiere dell'albergo (Sara Ricci), una donna che si divertiva a spacciarsi per prostituta e che era stata testimone del delitto. Rocca scopre che l'assassino è il rapitore della ragazza, che aveva riconosciuto dal tatuaggio e grazie a Morissi, individuerà nel proprietario dell'Hotel (Carlo Cartier).
Il dottor Nobili, un giovane e stimato pediatra, muore dopo aver bevuto un caffè; si scopre che nel caffè era stata messa di proposito una sostanza a cui era allergico. Inizialmente i sospetti ricadono su un uomo che lo riteneva responsabile della morte del figlio ma un mago viene trovato senza vita nella sua abitazione, ma Rocca alla fine scoprirà che la vera colpevole è l'infermiera di Nobili, innamorata non corrisposta dell'uomo, che aveva maldestramente cercato di fargli bere un filtro d'amore e uccideva il mago. Francesca annuncia a Rocca che sposerà un uomo conosciuto in montagna.
Un uomo viene ucciso con un fucile di precisione, appartenente ad una partita rubata in un negozio di armi; i sospetti si concentrano su Luca Garrone che lavorava nel negozio dove il fucile è stato rubato. Una serie di successivi delitti, sono una religiosa, una ragazza sposata e Garrone stesso, porta Mannino a credere che si tratti di un serial killer e a far intervenire un nucleo speciale da Roma, ma Rocca, che vuole vederci chiaro nella faccenda, scopre che il vero responsabile è il padre di Luca Garrone, che ha fatto di tutto per uccidere il figlio che a sua detta voleva farlo fuori. Rocca dubbioso fino all'ultimo, confessa in exstremis i suoi sentimenti a Francesca, che però ha già mandato a monte il suo matrimonio.
Il parroco di Santa Brigida, un sacerdote amico di Rocca, viene trovato ucciso nella sua parrocchia. Una testimone indica come possibile colpevole un ragazzo rumeno, con precedenti per furto, che Rocca aveva raccomandato al prelato. Il Maresciallo, sentendosi in colpa, cerca di scoprire il vero colpevole. La successiva morte di una giornalista porta il maresciallo a scoprire che la vera colpevole è proprio la testimone. Nel frattempo Daniela annuncia di aspettare un figlio da Marco e a Viterbo arriva il Tenente Natalina Solimeni (Bettina Giovannini), nuovo responsabile della scientifica.
Un uomo viene trovato morto in un motel, inizialmente i sospetti confluiscono su una cameriera dell'albergo, ex amante dell'uomo e sul marito; ma la successiva morte di un ex ispettore di polizia addetto alla sicurezza dell'albergo, che aveva promesso a Rocca il suo aiuto in cambio del reintegro in Polizia, porta Rocca a scoprire un giro di gioco d'azzardo all'interno dell'albergo; alla fine però il vero assassino si rivelerà essere la figliastra dell'uomo, di cui era amante, che la madre stava cercando di coprire accusandosi al suo posto. L'amicizia tra Rocca e il Tenente Natalina Solimeni si fa più sempre più intima. Giacomo decide di seguire le orme paterne e arruolarsi nell'arma.
Una ragazza, che collaborava con Marco come informatrice, accusa il poliziotto di averla picchiata e violentata; Rocca cerca di discolpare il genero, che però è stato con la ragazza per non perdere il contatto; l'omicidio di un medico aggrava la posizione dell'uomo, ma Rocca scopre che i veri colpevoli sono l'allenatore e il procuratore di un ciclista in coma dopo un incidente dovuto ad uso di sostanze dopanti e la ragazza era sta costretta a incastrare Marco per toglierlo dalle indagini, usando la figlia per ricattarla. Daniela partorisce la piccola Alice, ma non vuole perdonare Marco, intanto Rocca e Natalina si baciano sotto gli occhi di un'incredula Francesca.
La tomba di una donna viene fatta saltare in aria; il marito e il figlio della donna, che gestiscono una pescheria sono immischiati con i Talarico, una famiglia di malavitosi; per salvare il figlio il padre uccide uno dei Talarico; successivamente il ragazzo viene trovato morto; sul giaccone del ragazzo viene trovata una cimice e subito dopo il cadavere di un investigatore privato, porta Rocca a scoprire che il vero padre del ragazzo è un noto imprenditore e ad ucciderlo sono stati i nipoti per non perdere l'eredità. Rocca e Natalina decidono di non proseguire la loro relazione, intanto Daniela perdona Marco e si trasferisce con Marco e la bambina nella vecchia casa di Francesca; che sembra interessarsi al Maresciallo di Carmine (Corrado Tedeschi), arrivato a Viterbo per seguire un corso di restauro.
Un imprenditore, collezionista di opere d'arti viene ucciso nel corso di una rapina a casa sua in cui viene ferita la moglie; Rocca aiutato dal Maresciallo Di Carmine, scopre che i quadri rubati erano dei falsi; successivamente due dei rapinatori e la ragazza di uno dei due vengono uccisi dal 3º uomo che si scopre essere un pittore di falsi in combutta con la moglie dell'uomo. Nel corso dell'indagine, Di Carmine viene ferito ad una spalla, ma Francesca sembra ancora tenere di più a Rocca. A causa di lavori a casa sua, Rocca è costretto prima a trasferirsi da Daniela e poi in caserma. Roberto annuncia al padre di voler entrare in seminario e diventare prete; l'episodio si chiude col giuramento di Giacomo che diviene ufficialmente Carabiniere.
Un gattino trovato morto a scuola da Francesca porta dentro di sé un biglietto con scritto "Il male ritorna sanato", poco dopo una ragazza di nome Marisa viene trovata morta come fosse il sacrificio di un rito satanico e con un biglietto che potrebbe indicare la prossima vittima; Rocca, costretto in carrozzella per un incidente domestico e ospitato da Francesca sospetta, su suggerimento di Banti, un collegamento con il caso del professor Aleppi che 7 anni prima uccise la madre naturale di Tommy e la sorella di Banti; scoprirà che il professore prima di diventare preside del liceo, era direttore di un orfanotrofio e alcuni suoi ex alunni hanno fondato una setta giurando di vendicarne la morte.Il maresciallo rischia come al suo solito, ma grazie all'arrivo immediato di Banti si salva. Rocca e Francesca tornano insieme e convolano a giuste nozze.
Ne Il maresciallo Rocca e l'amico d'infanzia viene riproposto per l'ultima volta il personaggio del maresciallo dei Carabinieri Giovanni Rocca, interpretato da Gigi Proietti. Dopo le cinque stagioni della serie televisiva Il maresciallo Rocca, infatti, si è deciso di calare il sipario sul popolare personaggio, con questa miniserie televisiva la cui trama è tratta dal libro L'amico d'infanzia del maresciallo Rocca scritto da Laura Toscano (già ideatrice e sceneggiatrice de Il maresciallo Rocca) in collaborazione con Franco Marotta nel 1998. La storia narrata si svolge principalmente tra due città: Viterbo e Roma. Questa miniserie è stata trasmessa in prima visione nel marzo del 2008 in prima serata su Rai 1. È attualmente disponibile su Rai.tv ed è contrassegnata dalla "farfalla gialla", che indica che la visione del programma non è adatta ad un pubblico di bambini non accompagnati da un adulto. Il promo televisivo della prima tv di questa fiction ebbe la voce fuori campo di Claudio Capone.