I frati del convento trovano un bambino abbandonato e iniziano a prendersene cura. Si scopre successivamente che il bambino è il figlio di un ragazzo di colore (interpretato dal calciatore Simon Barjie, che all'epoca militava veramente nella Pro Sesto) che gioca in una squadra di calcio di promozione (la Pro Sesto) e della figlia del direttore della squadra e che è stato abbandonato per il fatto che il padre (interpretata da Sarah Maestri) della ragazza non vuole che lei sposi un cittadino extracomunitario. Fra Martino e Fra Giacomo però riescono con uno stratagemma a strappare il consenso al matrimonio all'uomo, complice la promozione della squadra grazie ai gol del ragazzo nero. Infine avviene il matrimonio tra i due giovani genitori ai quali viene riconsegnato il loro bambino.
Mentre Fra Martino e Fra Giacomo sono in banca per ritirare i soldi delle offerte al convento rimangono coinvolti in una rapina, fra Giacomo e uno dei rapinatori (Galbusera) però dicono di conoscersi, perché andavano a scuola insieme. I banditi per distogliere da loro l'attenzione della polizia decidono di rapire degli ostaggi, all'inizio dicono che avrebbero voluto prendere una donna con un bambino, ma i due frati si fanno avanti e si dichiarano intenzionati ad andare con loro, i rapinatori accettano, prendono i loro sai e li indossano. A questo punto la polizia inizia a ricercare la cosiddetta "banda dei Frati". I banditi continuano a portare con loro i frati e li costringono a rapinare un'altra banca con loro. Per fortuna alla fine i frati riescono ad ingannare i banditi e a farli arrestare.
Nel periodo di Natale durante una cena di beneficenza per i poveri una signora albanese chiede ai frati del convento di ritrovare sua figlia Zara (Bianca Guaccero) che si è persa nel viaggio tra l'Albania e l'Italia. Fra Martino e Fra Giacomo riescono a trovare la ragazza che nel frattempo era stata costretta a fare la prostituta, la portano al loro convento e la fanno rincontrare con la madre. Il protettore però scopre il fatto. Intanto Fra Martino si innamora di Zara e chiede consigli e spiegazioni a Fra Giacomo, che conosce meglio di Martino il "mondo esterno". La sera di Capodanno l'ex-protettore di Zara raggiunge armato il convento desideroso di vendetta. Fra Martino non è presente, perché sta pregando il Signore di liberarlo dalle tentazioni. Nella foga dello scontro al piano sottostante il crocifisso sotto cui prega Fra Martino cade in testa a quest'ultimo. Lo scontro si conclude quando, fortunatamente, Fra Giacomo riesce con uno scherzo a disarmare l'uomo che viene consegnato alla polizia. Alla fine Zara e le sue amiche che erano state ospitate nel convento insieme a lei vengono mandate in una pensione su ordine del vescovo, testimone dello scontro tra la banda del protettore e i frati. Fra Martino non prova nulla quando, con Fra Giacomo, dà l'addio a Zara; questo a causa del colpo sulla testa prodotto dalla caduta del crocifisso.
Un truffatore (Flavio Bonacci) sta mettendo a punto degli stratagemmi per derubare varie anziane signore. Fra Martino e Fra Giacomo cercano di trovare questo delinquente e per farlo si travestono loro stessi da vecchiette (Donna Evelina e Betta). Intanto, il commissario di Polizia Alvaro si innamora di Fra Giacomo travestito. Alla fine, dopo vari qui pro quo, si scopre che l'autore delle truffe è un ipnotizzatore, arrestato dagli uomini di Alvaro, che rimane deluso dopo aver scoperto la vera identità di Fra Giacomo, alias Betta. Ma quest'ultimo modifica la situazione ipnotizzando il commissario che gli aveva proposto di frequentarlo ancora, nonostante la verità fosse venuta a galla.
Fra Martino e Fra Giacomo trovano un cane e si affrettano a riconsegnarlo alla proprietaria. Nel portare il cane a casa con il furgoncino un ragazzo chiede loro un passaggio e i frati lo fanno salire sul mezzo fino a destinazione. A casa della donna, i frati vedono in televisione che il ragazzo a cui avevano dato un passaggio era scappato di casa e che i genitori lo cercavano, allora incominciano a cercarlo. Una volta ritrovato il ragazzo ai frati viene rivelato che il rapimento era stato solo un pretesto per fare soldi e che i genitori sono pesantemente indebitati con uno strozzino. Fra Giacomo si finge un importante uomo d'affari italo-americano e si fa prestare dei soldi dallo strozzino, però le losche trattazioni avvengono sotto una telecamera che i frati hanno appositamente sistemato e che trasmette tutto in diretta tv. Ad un certo punto l'uomo di Don Vincenzo chiede se per piacere può andare in bagno, e con una volta che questa sua richiesta viene concessa quest'ultimo torna in sala dicendo che erano ripresi, è che naturalmente il tutto era una trappola, a quel punto entrano i Carabinieri e lo strozzino viene arrestato davanti centinaia di persone.
In un vicino convento di suore appare un fantasma che spaventa le monache, le quali chiamano Fra Martino e Fra Giacomo per far luce sulla situazione. I frati scoprono che il fantasma è solo una finzione del giardiniere sardo Gavino, che si era accordato con la proprietaria di un Beauty Farm, la quale spera che vedendo lo spettro la badessa venda il monastero a poco prezzo. I frati mettono su una scena nella quale Fra Giacomo si finge il fantasma per spaventare con il suo stesso scherzo la donna. Alla fine quest'ultima vedendo il frate travestito da spettro si spaventa e cessano le sue pretese sulla vendita del convento.
Dopo una partita di calcio tra i frati del convento e i detenuti di un vicino carcere, uno dei detenuti, Pericle, confessa a Fra Martino di essere colpevole di un crimine per il quale è stato accusato un altro detenuto. Poco tempo dopo infatti l'altro detenuto, Jacopo Sannazaro, dichiara ai frati la sua innocenza e dice loro che avrebbe bisogno solo di 24 ore di libertà per trovare la prova della sua innocenza. Allora in occasione di un'altra partita di calcio Fra Martino si scambia con Sannazaro che può uscire dal convento. Dopo questo episodio però arriva un'altra confessione del carcerato Pericle nella quale questo dichiara che la storia dell'innocenza di Sannazaro era stata tutta un'invenzione per permettere a quest'ultimo di avere il tempo di vendicarsi del giudice che lo aveva condannato. I frati allora si affrettano a raggiungere il giudice e riescono fortunatamente a salvarlo da Sannazaro che viene arrestato dalla polizia.
Al convento da alcuni giorni iniziano a sparire tutti i soldi dedicati alla comunità, allora Fra Martino e Fra Giacomo iniziano a cercarne la causa. I due scoprono che Fra Luigi, l'addetto all'amministrazione del denaro nel convento si è dato al gioco d'azzardo, sperperando tutto il denaro del convento. Fra Giacomo per far passare il vizio del gioco a Fra Luigi, con la complicità di un suo amico che gestisce un casinò, finge di scommettere alla roulette il contratto di tutto il convento e di perderlo. La trovata funziona perché Luigi spaventato promette di non giocare d'azzardo mai più. Sfortunatamente c'è un problema, poiché Luigi ha anche un debito con lo strozzino che gestiva la bisca clandestina in cui andava il frate prima di venire scoperto. Lo strozzino, Tony, richiede il risarcimento del debito (20.000 €), allora Fra Giacomo propone al malavitoso di giocarsi il debito a poker dando come garanzia il contratto del convento. Lo strozzino credendo il frate inesperto accetta, ma Fra Giacomo che è in realtà espertissimo gli infligge una pesante sconfitta cancellando il debito.
