社会人野球の選手をやめてラーメン屋を開業した衛は、自慢の一人息子・誠を名門私立の修和学園に編入させた。誠は後妻の夏美と小さなトラブルはあるが、明るく素直に育っていた。千尋が担任するクラスに入った誠は、入学早々イジメの現場を目撃し、ホームルームでイジメを撲滅しようと演説する。翌朝、誠の机の上には、一輪の菊を活けた牛乳瓶が置かれていた。
誠が受ける陰湿なイジメは、日ごとにエスカレートしていった。しかし担任の千尋は、誠の努力ですでにイジメはなくなっていると信じていた。ある日、誠は社会科教師の悦男が本屋で万引きするところを見てしまう。悦男は誠に、自分は窃盗癖があると告白するが、誠は誰にも話さないと誓った。誠には悦男が自分の味方になってくれそうな人物に思えたのだ。
写真部顧問の悦男が衛の店に立ち寄り、写真部のカメラが盗まれたと嘘をついた。誠がカメラをもらったと話していたため、衛は誠が犯人ではと疑う。自宅でカメラを見つけた衛は悦男のもとに届けにいった。そんな中、体育教師の宮崎の女装写真が校庭にまかれる。激怒した宮崎は写真部を強制捜査し、誠のロッカーから問題の写真のメガを発見する。
写真をばらまいた犯人を誠だと決めつけた宮崎は、体育の授業中、誠だけを倒れるまで走らせた。さらに悦男が宮崎に、体罰のことを誠から相談されたと嘘をついたため、宮崎の誠に対する憎しみはますます募る。ある日、和彦がいじめで腕を骨折。犯人は留加だが、和彦は誠にやられたと言い出す。連絡を受けた衛は学校に向かう。衛は怒り、誠の話を聞こうともしない。味方だった留加や衛までが離れてゆき、級友のいじめは悪化する一方。誠はしだいに絶望の淵に…
誠はイジメに耐え切れずとうとう学校を無断欠席した。そんなある夜、ゲームセンターにいた誠が補導される。迎えに行った千尋は誠を部屋に招き、学校に来ない理由を問いただす。誠は千尋にイジメの真相を打ち明けようとするが、そこへ悦男がやって来る。翌日、衛は無理やり誠を学校に連れて行くが、誠を待っていたのはさらなるイジメだった。
衛は涼から受け取った「僕は殺されるだろう」と記された誠の手紙を読み、大きなショックを受けた。翌朝、衛は誠の遺骨を抱えて学校へ行き、登校してくる生徒たちから誠の死の真相を聞き出そうとする。マスコミも誠の自殺を取り上げ、学校に詰めかけた。衛は、誠の身辺に何が起こっていたのかを知りたい一心で、千尋に誠の手紙を渡す。
息子を失った悲しみは、深い懐疑とまだ見えない敵に対する深い憎しみに変わりつつあった。衛は誠の遺骨を抱え、校門の前で生徒たちに本当のことを教えてくれと懇願する。そんな折、衛の元に匿名で封書が届く。そこには、宮崎が誠に体罰を加えている写真が入っていた。衛は宮崎を呼び出して問い詰めるが…。
衛は誠の死から立ち直ろうと、再び少年野球のコーチをはじめた。そんななか、宮崎は誠が持ってきた写真の出所をつかもうとしていた。写真は誠に体罰を加えているようにも見えたからだ。悦男に頼み写真部の部屋を捜索するが証拠になるものは出てこない。一方、誠の死のショックで学校を休んでいた留加は、自ら頭を机に打ちつけ病院に運ばれる。
生徒たちの間で、宮崎を殺したのは誠の亡霊だという噂が流れていた。そんななか、衛は、誠が生前書いた手紙を持って、学校を訪ねた。そして生徒たちの前で、「手紙には誠をイジメた人間の名前が書いてある」とウソをつき、誠の位牌に謝ってほしいと頼んだ。一方、留加は悦男の机から、母親の合成ヌード写真と宮崎の体罰写真を見つけだす。
衛は誠をイジメた人間の名前を聞き出そうと、下校途中の俊平を待ち伏せた。衛の気迫に怯える俊平は、留加らの名前を告げて逃げ去り、その直後にバイクにはねられてしまう。留加ガイジメに荷担していたと知り、衛はマンションを訪ねた。しかし留加は、精神のバランスを崩し現実逃避から５日も眠ったままでいた。衛はそんな留加の首をしめようとする。
千尋から連絡を受けた刑事の須藤は、衛と会う。衛は夏美に話をしてから、翌日自首すると言い、須藤もそれを承諾した。一方、千尋はイジメの事実を証明しようと、祐次職員会議での発言を求める。証言を約束した祐次は、新しいイジメの標的に。帰宅した衛は、送りつけられた誠の飛び降り写真を見て、翌朝行方をくらます。
祐次は裁判でイジメの実態を証言すると約束していたが、自分に対するイジメを恐れ取り止めてしまった。一方、刑事の須藤は、衛が逃亡したのは悦男を殺すためと推測。悦男の身辺を警戒しだす。同じころ祐次は、夏美から、証言をすべきだと詰め寄られ苦悩していた。その夜、電話の逆探知によって、衛は職員室にいると判明する。