亀有に出現した謎の爆弾犯をめぐり、おなじみ両さんたち派出所メンバーの活躍を描く。ともさかりえが声を演じた爆弾処理班などの新キャラに加え、破天荒な両さんが映画版ならではのスケールで大暴れ。お馴染みの浅草をはじめ、上野、銀座と実際の街並みを活写した美術も見どころ。品田虎三が経営するシナトラホテル、顧問弁護士マーティン率いるシナトラ商会の悪趣味なビル群が次々と爆破された。犯人は、弁天小僧と名乗る謎の爆弾プロ。葛飾暑にはFBIから爆弾処理のエキスパート・星野リサと、パートナーのロボット・ダンディが派遣される。嫌々ながらもリサとコンビを組んで捜査にあたる両津。そんな時、葛飾暑に弁天小僧から新たな犯行予告が届く。
葛飾区亀有。いつも平和なこの町が、最近にわかにＵＦＯの目撃情報やミステリーサークルの出現で騒々しくなっている。そんな時、亀有公園前派出所は両津を留守番で残し、他のメンバーは慰安旅行でハワイへ飛んでいた。しかし、往生際の悪い両津は、ちゃっかり貨物に紛れて飛行機内に潜入し、ハワイまで来てしまう。それも束の間、やはりハワイでもトラブルを巻き起こした彼は地元警察から指名手配の身に。そんな両津は逃亡中、セスナを華麗に操縦するミーナという謎の美女に救われるのだが…。
ここは葛飾区亀有公園前派出所。また、商店会の面々にボーナスをむしり取られ、ふて腐れている両津勘吉。テレビでは、アッタカイーノ王国のサブリナ王女の来日が伝えられている。そんなことに全く興味のない両津は、いつものように超神田寿司のアルバイトに励んでいる。すると出前の途中で、誘拐事件に遭遇する。誘拐犯から助け出した少女は、なんと超神田寿司の孫娘・擬宝珠檸檬にそっくりなサブリナ王女だった。檸檬とサブリナはすぐに意気投合。日本文化に興味があり下町を見たいというサブリナ。檸檬は、サブリナのために両津を巻き込んだある作戦を考える。欲に目がくらんだ両津は、同僚の中川圭一と秋本麗子を巻き込み作戦を実行する。次の日、両津の案内で下町見物を堪能し大喜びのサブリナ。しかし、犯人グループは王女誘拐を諦めていなかった。誘拐事件が下町を巻き込んだ大騒動に発展！ 両津は下町を、みんなを守れるのか……!!
