Es ist Namenstag des Bischofs von Salzburg. Auf der Festveranstaltung soll der junge Wolfgang Amadeus Mozart als Solosänger brillieren. Aber sein böswilliger Konkurrent und Neider, Hofmarschall Devilius, will dies verhindern und fädelt eine hinterhältige Intrige ein. Und so muss Amadeus Herrn Hagenauer, Hoflieferant des Bischofs und Hauswirt der Familie Mozart, helfen, die vermisste Kutsche mit der für das fest dringend benötigten leckeren Schokolade aus Linz ausfindig zu machen. Nach einigen Hindernissen erreicht die Schokolade schließlich Salzburg und die Hagenauers. Aber wird Amadeus rechtzeitig zu seinem Soloauftritt kommen?
Amadeus möchte sich mit einem Lied beim Kompositionswettbewerb um die "Goldene Nadel von Salzburg" bewerben. Der ehrgeizige Devilius und die hinterhältige Ratte Monti wollen dies verhindern, damit Devilius' Neffe Mario den Preis gewinnen kann. Mit Hilfe einer Taschenuhr und einer gestohlenen Mozart-Melodie lassen sie Amadeus als Dieb und Plagiator dastehen. In einer gruseligen Friedhofsszene wollen Amadeus und seine Freunde Mario schließlich ein Geständnis abringen. Wird dieses Geständnis Amadeus von den Vorwürfen reinwaschen oder gewinnt Mario am Ende die "Goldene Nadel von Salzburg"?
Devilius und Ratte Monti verfolgen einen neuen bösartigen Plan. Sie locken Pumperl, den süßen kleinen Hund von Amadeus, in die Hände eines Hundefängers. Sie glauben, dass Amadeus dadurch so sehr mit der Suche nach Pumperl beschäftigt ist, dass er nicht auf der Silberhochzeit der Eltern seiner Freundin Kati auftreten kann. Das würde dann Devilius' in heißer Liebe zu Kati entbrannter Neffe Mario übernehmen, der zuvor noch die Noten aus der Wohnung der Mozarts entwenden muss. Die bösen Buben haben aber die Rechnung ohne den cleveren Pumperl gemacht. Am Ende jagen die Hunde den Hundefänger, die Noten landen beim richtigen Adressaten und Devilius hat das Nachsehen.
Devilius hat zwei üble Ganoven angeheuert, um Amadeus und seinen besten Freund Kajetan zu entführen. Er möchte endlich hinter das Geheimnis der Amadeus'schen Musik-Magie kommen. Die beiden Knaben lassen sich aber nicht so leicht überrumpeln, übertölpeln die tumben Ganoven und retten sich auf ein Floß. Sie geraten jedoch in gefährliche Stromschnellen und drohen zu ertrinken, werden dann aber schließlich gerettet und Devilius ist nicht schlauer als zuvor.
Nannerls Kanarienvogel ist entflogen. Amadeus möchte beim Vogelhändler einen neuen für seine verzweifelte Schwester kaufen. Devilius glaubt indes, dass ihm ein prächtiger Steinadler Macht und kompositorisches Genie verleihen würde. Er inszeniert einen Zwischenfall, in dessen Verlauf alle Vögel entfliegen, und macht sich im allgemeinen Tumult mit dem Adler davon. Amadeus und seine Freunde werden der bösen Tat beschuldigt und ins Verlies des Bischofspalastes geworden. Können sie ihre Unschuld beweisen und verhilft der prächtige Adler Devilius letztendlich zu Ansehen und Genie?
Der den Mozarts wohlgesonnene Bischof möchte, dass diese eine wertvolle Geige auf ihre Konzertreise nach München mitnehmen, um sie dort dem Kurfürsten als Gastgeschenk zu überreichen. Widersacher Devilius aber vertauscht die Geige mit seiner wertlosen alten Fiedel, um die Mozarts in Schwierigkeiten zu bringen. Es soll der Eindruck entstehen, sie hätten die kostbare Geige zu Geld gemacht. Devilius würde dann die echte Geige überreichen und Lob und Dank ernten. Es kommt aber schließlich alles anders als er es sich erhofft hat und Amadeus' musikalisches Genie kommt einmal mehr zur Geltung.
Hinterhältig streut Devilius das Gerücht, all die wunderbaren Kompositionen wären gar nicht von Amadeus, sondern von Leopold Mozart. Der verunsicherte Bischof lässt daraufhin einen Komponistenwettbewerb veranstalten, bei welchem Amadeus gegen Devilius, der sich oft und gerne als ebenbürtigen Konkurrenten von Amadeus sieht, antreten muss. Devilius hat sich von einer Kräuterfrau eine unsichtbare Tinte mixen lassen, die zunächst Amadeus' Komposition verschwinden und Devilius als Sieger dastehen lässt. Kann Amadeus Devilius' böse Tat aufklären, damit es wieder heißt: Ehre wem Ehre gebührt?
Der Bischof möchte der Gräfin Kussmaul, einer großen Förderin und Bewunderin der Mozarts, eine Komposition von Amadeus zu ihren am folgenden Tag stattfindenden Geburtstag schenken. Devilius wettet mit dem Bischof, dass Amadeus es in so kurzer Zeit nicht schaffen wird, das Stück zu schreiben. Im Vertrauen auf Amadeus' kompositorische Fähigkeiten verwettet der Bischof seinen "halben Hofstaat". Um diese Wette zu gewinnen, schmieden Devilius und Ratte Monti einen gemeinen Plan. Wird Amadeus es rechtzeitig schaffen und muss der Bischof seine Wettschulden einlösen und Devilius zu einem reichen Mann machen?
Der Bischof hat zu einem musikalischen Wettstreit zwischen den Städten Linz und Salzburg geladen. Um einen weiteren glanzvollen Erfolg von Amadeus zu verhindern, besorgt sich Devilius bei der Kräuterhexe ein starkes Schlafmittel, welches Amadeus rechtzeitig außer Gefecht setzen soll. Devilius will dann selbst auftreten und den Sieg einheimsen. Zu allem Unglück hat Vater Leopold aus großer Geldnot Amadeus' Geige zum Pfandleiher gebracht. Wird das Schlafmittel wirken, kann Amadeus ohne seine Geige brillieren und wird Devilius wieder einmal als Verlierer den Saal verlassen?
Auf der Reise nach Wien geschieht etwas Dramatisches. Amadeus und seine Schwester Nannerl haben das falsche Schiff bestiegen, weil sie einer Schauspieltruppe gefolgt sind. Während die Eltern auf der Donau gen Wien segeln, verbringen die beiden Kinder zunächst eine schöne Zeit auf einem Ausflugsdampfer. Sie krönen die Aufführung der Schauspieltruppe mit einer eigenen musikalischen Begleitung und stiften ganz nebenbei Frieden zwischen einem aufgebrachten Vater und dessen Tochter und Schwiegersohn in spe. Aber werden die Geschwister Mozart das Schiff ihrer Eltern noch einholen?
Am Ende der Schiffsreise auf der Donau landen die Mozarts im Hafen von Wien. Aber auch das hinterlistige Trio um Devilius befindet sich an Bord. Um die Einreise der Mozarts nach Wien zu verhindern, stehlen die Vater Leopold die Brieftasche, was zu großen Komplikationen führt, da die Mozarts aufgrund ihres umfangreichen Gepäcks für Kaufleute gehalten werden und hohen Zoll zahlen sollen. Tausendsassa Amadeus aber versteht es mit einer Aufsehen erregenden Musical-Darbietung den Hafen zum Tanzen zu bringen und die Zöllner zu überzeugen. Sogar Kaiserin Maria Theresia mit ihren Kindern wird Zeuge dieses fantastischen Spektakels. Einem Besuch im kaiserlichen Schloss steht nichts mehr im Wege.
Auf dem Weg zu ihrem Wiener Gasthof werden die Mozarts Zeuge eines schlimmen Zwischenfalls, bei welchem der arrogante Sohn eines Adligen mit der Peitsche eine alte Frau und deren Enkelkinder misshandelt. Voller Empörung fordert Amadeus den Mann zu einem Duell "Peitsche gegen geige" heraus, bei welchem er durch bewusst schlechtes Geigenspiel das Pferd des üblen Burschen in die Flucht jagt. Dieses Ereignis macht schnell die Runde in Wien. Amadeus lernt zwei Straßenmusikantenkinder kennen und zieht mit ihnen als dritter im Bunde durch die Musikcafés von Wien. Doch der gedemütigte Adelssohn und auch Devilius mit seinem Kumpan Monti lassen ihn nicht in Ruhe.
Die Einladung an den kaiserlichen Hof lässt auf sich warten. das Geld ist knapp und als der von Devilius gebriefte Gastwirt von vater Leopold die Hotelrechnung im Voraus fordert, entschließt sich dieser notgedrungen zur Rückreise nach Salzburg. Amadeus versucht noch die Kaiserin bei einem Opernbesuch zu treffen, aber vergebens. Als die Mozarts schon mit einem Ochsenkarren auf dem Weg zurück sind, trifft endlich die Einladung an den kaiserlichen Hof ein. In einem Wettlauf mit der Zeit versucht der von Devilius getäuschte Gastwirt die Mozarts zurückzuholen. Wird Devilius Amadeus' Auftritt bei Hofe noch verhindern können oder bekommt Amadeus am Ende sogar einen Kuss von der Kaiserin?
Amadeus ist es Leid immer nur auf einem "stummen Klavier" im Hotelzimmer üben zu müssen. Da kommt es ihm gerade recht, dass anlässlich eines "Russischen Abends" ein großer Konzerflügel in den Ballsaal gestellt wird. Beim heimlichen Spiel auf dem Instrument bricht aber eine Taste. Devilius möchte sich bei dem russischen Adel als Virtuose anbiedern und setzt den bestellten Pianisten kurzerhand außer Gefecht. Amadeus und Nannerl versuchen derweil mit Pumperl's Hilfe ein wenig Geld auf der Strasse zu verdienen, um davon eine neue Taste beim Pianobauer erwerben zu können. Ist das alles in so kurzer Zeit zu schaffen? Wer wird letztendlich am Abend auftreten und wird das mit oder ohne die fehlende Klaviertaste sein?
Auf dem Weg zur Apotheke, wo Amadeus Baldrian für seine erkrankte Schwester Nannerl holen soll, läuft Pumperl einem anderen Hund hinterher und verschwindet. Amadeus muss ihn suchen, dabei kommt er auf einem Marktplatz zu dem Auftritt eines Tanzbären. Er begeistert den Bären und die Zuschauer mit seinem Geigenspiel, die ihm sogar einige Dukaten spenden. Voller Neid heckt Devilius einen Plan aus, der am nächsten Tag seinen Neffen Mario an Amadeus' Stelle katapultieren soll. Aber Mario's Gefiedel bringt kein Geld ein und treibt den Bären in eine turbulente Flucht durch die Gassen von Wien. Amadeus' wunderschönes Geigenspiel kann schließlich das Allerschlimmste verhindern.
Die Mozarts werden zum wiederholten Mal zum kaiserlichen Hof geladen. Da die Eltern aber nicht zu erreichen sind, überreden die Kinder zwei Angestellte des Ho-tels als ihre Eltern bei Hofe aufzutreten. Das führt zu etlichen Komplikationen, denn nachdem die echten Eltern von der Einladung erfahren haben, eilen sie auf dem schnellsten Wege ins Schloss. Amadeus und Nannerl haben derweil mit Marie An-toinette, der jüngsten Tochter der Kaiserin, jede Menge Spaß beim Schlittern auf den blanken Böden der Schlossflure. Werden sie wohl immer rechtzeitig anhalten können und werden die Eltern von Amadeus und Nannerl gute Miene zum heiteren Spiel machen? Und kann Devilius einen neuerlichen erfolgreichen Auftritt von Amadeus verhindern oder wird er am Ende ausrutschen?
Nannerl bricht während eines Konzertes im Kaiserpalast vor Erschöpfung zusammen. Irgendwie fällt in diesem Zusammenhang das Wort Pocken. Devilius, der davon erfährt, fühlt sich mit einem Mal ebenfalls ganz krank und dem Ende nahe. Alle sorgen sich um Nannerl. Niemand kann sagen welche Art von Krankheit sie hat. Amadeus glaubt, dass das Amulett, welches Nannerl beim Konzert im Palast verloren hat, ihr die Gesundheit zurückbringen wird. Er schleicht sich ins Schloss um nach dem Amulett zu suchen. Devilius genießt unterdessen die Pflege durch seine "Angehörigen" Mario und Monti. Wird das Amulett Nannerl gesund machen, handelt es sich tatsächlich um die Pocken und wird Devilius Simulation am Ende auffliegen?
Prinzessin Antoinette erzählt Amadeus vom Geheimnis von Ybbs, welches er für sie aufdecken soll. Amadeus schafft es seine Eltern auf dem Rückweg nach Salzburg ins Kloster Ybbs zu führen, wo er sich sogleich auf die Suche nach dem Geheimnis macht. Die Gruppe um Devilius verirrt sich in dichtem Schneegestöber ebenfalls in dieses Kloster, wo sie durch heimliches Herumschleichen große Verwirrung unter den Mönchen stiftet. Das Geheimnis entpuppt sich als eine hinter einer Wand versteckte wunderschöne Orgel. Amadeus gibt ein kleines Orgelkonzert und das Trio Infernale muss in wilder Hast auf zwei Schweinen reitend vor den Mönchen fliehen.
Was ist nur das Geheimnis von Amadeus' musikalischem Talent? Devilius glaubt, dass er es endlich herausgefunden hat. Es sind die grünen Wundertropfen, die Amadeus' Mutter ihrem Sohn verabreicht hat. Devilius muss nun irgendwie an die-se Mischung herankommen, um sie dann Mario einzuverleiben, der danach endlich eine echte Konkurrenz für den Wunderknaben werden könnte. Aber woher nehmen und nicht stehlen? Wird dem hinterlistigen Devilius der große Coup gelingen und sind die Wundertropfen wirklich das, was Devilius vermutet?
Winter in Salzburg. Dichtes Schneetreiben. Die Kinder wollen Schlittenfahren am Fluss. Pumperl hüpft auf eine Eisscholle und treibt ab. Eine dramatische Rettungsaktion, an der auch Mario und ein paar ungeliebte Knaben aus der Nachbarschaft beteiligt sind, beginnt. Mit Hilfe eines Teleskops wird Pumperl ausfindig gemacht. Durch dieses Teleskop sollen auch in der kommenden Nacht anlässlich einer Einla-dung des Bischofs Hunderte von Sternschnuppen beobachtet werden. Das Wetter spielt aber nicht mit und so muss Amadeus einmal mehr die Gesellschaft mit seiner Musik verzaubern.
Wegen Platzmangels erhält der Chor der Salzburger Waisenknaben eine Absage vom Kloster der "Schweigenden Schwestern" zum alljährlich stattfindenden Erntedankfest. Ein Sturm hat das Kloster teilweise zerstört. Amadeus und Nannerl sollen als Ersatz dort auftreten. Devilius lässt es sich nicht nehmen mit Mario und Monti ebenfalls zu erscheinen. Mit einem üblen Trick setzt er Amadeus außer Gefecht, um so Mario als Musiker ins Spiel zu bringen, der das jedoch eigentlich gar nicht will. Am Ende rettet Amadeus das Kloster vor der Schließung, indem er aus den "Schweigenden Schwestern" einen tollen Chor macht, denn "nicht sprechen dürfen" heißt noch lange nicht, "nicht singen zu dürfen"!
Der Kardinal ist auf dem Weg zum Bischof von Salzburg. Er ist berüchtigt für seine Inspektionsreisen, die in aller Regel zu Versetzungen und Degradierungen führen. Der Bischof ist in heller Aufregung. Zu allem Unglück kommt der Kardinal einen Tag zu früh und nichts ist vorbereitet. Auch der bischöfliche Knabenchor ist noch nicht in der Lage ein Konzert zu geben. Gnadenlos inspiziert der Kardinal den Palast und löst Angst und Schrecken beim Bischof aus. Aber Dank Amadeus' Einfallsreichtum kommt es schließlich zu einem versöhnlichen Ende. Der Bischof bleibt Bischof und Devilius wird nicht sein Nachfolger.
Ein großer Zauberer hat es Amadeus angetan. Er lässt nämlich auf der Bühne einen Pudel Klavier spielen. Ob das Pumperl auch schafft? Devilius kommt schnell hinter den Zaubertrick und lässt den Pudel verschwinden. Doch der Trick funktioniert ganz anders als vermutet. Als dem Zauberer schließlich der zweite Partner (ein Klavier spielender Liliputaner) für den Trick ausfällt, bittet er Amadeus, bei seinem Auftritt im Bischofspalast für diesen einzuspringen. Und so kommt es, dass Pumperl doch noch ein großes Klavierkonzert geben kann.
Da Amadeus den Klang lauter Trompetenmusik nicht ertragen kann, versucht er ein von Devilius heimtückisch angeordnetes gemeinsames Konzert mit dem berühmten Trompeter Schachtner zu verhindern. Er und sein Freund Kajetan versuchen die Trompeten von Schachtner verstecken, aber leider gelingt es Devilius immer wieder, eine neue Trompete für Schachtner heranzuschaffen. Zum Schluss findet Amadeus aber eine Lösung für ein gemeinsames Konzert mit Schachtner, ohne dass er unter dessen Trompetentönen leiden muss.
Eine internationale Schauspieltruppe will in Salzburg auftreten. Devilius wird vom hofeigenen Schauspieldirektor angehalten diese Konkurrenz zu verhindern. Amadeus freundet sich aber mit den Schauspielern an und bereitet mit ihnen ein Singspiel vor, für welches er aus dem Handgelenk die passende Musik zaubert. Devilius greift zu massiven Mitteln, um den Auftritt zu verhindern. Am Ende jubelt aber ganz Salzburg und Devilius spielt auf der Bühne eine ungewollte Hauptrolle.
Die Mozarts sollen am Abend ein Konzert im Bischofspalast geben. Vater Leopold hofft damit auch die letzten Zweifler zu überzeugen, sie auf Einladung von Josef Haydn am Englischen Hof musizieren zu lassen. Devilius aber hat den Kon-zerttermin aus dem bischöflichen Kalender gestrichen. Durch Amadeus erfährt der Bischof jedoch alles über die Mozart'schen Reisepläne. Devilius ist empört, der Bischof entsetzt bei dem Gedanken Amadeus fast zwei Jahre nicht mehr spielen hören zu können. Wie soll er sich entscheiden? Amadeus begibt sich auf „Abschiedstour" zu seinen Freunden. Devilius, einerseits hoffnungsfroh den Posten von Leopold Mozart übernehmen zu können, andererseits aber missgünstig wegen der großen Reise, schadet sich schließlich selbst am meisten. Die Kinder werden Blutsbrüder auf ewig und der großen Reise in die Welt steht nichts mehr im Wege.