バルスブルグ帝国の士官学校生・テイト＝クラインは親友のミカゲと「死ぬ時は一緒だ」という誓いを立てる。過去の記憶を失ったテイトには、ミカゲが大切な存在だった。
ラグス王国・国王の父をアヤナミに殺されたという記憶を取り戻したテイトは、アヤナミに歯向かうがかなわず、ミカゲの手引きでなんとか逃亡する。
士官学校に残してきたミカゲが気がかりなテイトは、教会から出て行こうとするがフラウに止められる。しかし、ミカゲへの想いは消えるはずもなく…!?
テイトの逃亡を手引きしたミカゲは、知っていることを話さなければ家族の安全は保証しないとアヤナミに詰め寄られる。家族かテイトか、究極の選択！
フラウらに助けられたテイトは父の後継者として“ミカエルの瞳”を託されたことを思い出す。これが真実なら自分は教会にいると迷惑になると思い悩む。
教会で年に一度のバザーが始まり、ミカゲと共にフラウたちの出店を楽しむテイトだが、帝国軍から逃げてきたミカゲの行く末をどうしても案じてしまう。
ミカゲは“家族”か“テイト”のどちらかを選べというアヤナミの要求に悩むが、そんな想いに蓋をするようにテイトと一緒にバザーを楽しもうとする。
テイトやフラウたちは、ミカゲが教会に来てからの穏やかな時間がいつまで続くか不安に思う。ミカゲ自身も、体が自分のものでないような気配を感じる。
アヤナミに操られたミカゲがテイトに襲いかかる！ テイトはミカゲを救おうとする中、力の制御装置をつけられ、その瞬間、彼の中で何かが覚醒する。
テイトは「私が憎ければ復讐しに来い」というアヤナミの言葉に応えるかのように、次第にアヤナミへの復讐心を募らせ、教会を出て行こうとする。
どうやってミカゲの死を償えばいいか悩むテイトに、カストルは司教試験を受けるよう勧める。司教になれば、あらゆる場所に検閲なしで行けるという。
ハクレン＝オークという勝ち気な受験生と出会ったテイトは、自分を子供扱いするハクレンとルームメイトになってしまった。そんな中、テイトは…!?
教会の門番が殺された。現場をハクレンと居合わせたテイトは、冷徹な目つきで佇むフラウを目撃。そんな中、テイトはある神父との思い出を思い出す。
司教試験の受験生たちに紛れて、ブラックホークのクロユリとハルセが教会に入り込んだ。フラウたちは彼らの狙いがわからず危機感を募らせる。
父が殺された後、自分を育ててくれたのは神父“ファーザー”だったことを思い出すテイト。そんなテイトの前に謎の司教“フェア＝クロイツ”が現れる。
テイトを育てた神父“ファーザー”こと“フェア＝クロイツ”は、悪しき死神“フェアローレン”が眠るパンドラの箱を教会から盗み出した。
テイトとハクレンは、フラウを罠にはめた犯人を突き止めるべく動き出す。バスティンは聖職者に不向きな子供だったフラウがいかに育ったかを明かす。
フラウを陥れた犯人は、バスティン大司教補佐だった。バスティンはハクレンを人質に取り、テイトを処刑するべく襲いかかる。
クロユリを捕らえたカストルはセブンゴースト「繋魂(フェスト)」としてアヤナミと対峙。その翌日、バスティン大司教補佐の弔いが教会で行われていた。
テイトに宿る“ミカエルの瞳”にヴァルスが入り込んでいた。その力を利用してクロユリはテイトを呼び寄せ、教会から連れ去ろうとする。
テイトに宿るミカエルの瞳が発動したことは帝国軍幹部にも驚きを与えた。瞳を扱う者の出現は、かつて滅んだラグスの国王が誕生する予兆と考えられる。
１次試験で“敗者の扉”をくぐったテイトとハクレンだが、試験に合格となる。この試験は、パートナーに手を差し伸べられるかが重要だったのだ。
２次試験は法術試験。“試練の橋”の向こうに辿り着けば合格だが、試練の橋では、受験生それぞれの心の闇が幻影となって出現するのだ。
フラウが待つ２次試験の出口になぜかテイトの姿はなかった。試験を乗り切ったテイトのもとに再びアヤナミが現れ、異空間へと連れ去ったのだった。
記憶を辿り、“パンドラの箱”の在処を教えることをアヤナミに迫られるテイト。それができなければ教会の人々が殺されてしまう！
