평화로운 타츠미야 섬. 하지만 그곳에는 미지의 존재 페스툼에 대항하는 비밀 조직 알비스가 있다. 알비스는 페스툼으로부터 섬을 지키기 위해 L계획을 실행하고, 그 계획을 위해 료와 유미는 파일럿이 되어 파프너에 탑승한다. 두 사람은 두 달간의 임무 끝에 마지막까지 살아남지만, 결국 진화한 페스툼에 의해 목숨을 다한다.
그리고 남은 사람들에게 넘겨진 평화와 싸움. 앞으로 그들의 싸움은 어떻게 될 것인가.
一天，Festum突如其来袭击了龙宫岛被问及“你在那里吗…”的那一天起回溯到1年前。比总士、一骑等人高一年级的前辈将陵僚等人就读的龙宫岛中学，举行了错季的「毕业」典礼…。是的，那正是等待他们的命运之序章…。
Yumi Ikoma and Ryou Masaoka are children who have been selected to take part in a top secret mission, to be the pilots of the first Fafner combat units; the last chance of survival for the human race. The enemy is ruthless, remorseless and is able to read the minds of humans. Therefore, the details of this mission are kept a secret even from the personnel involved. The young pilots must use all their courage and faith in order to survive and complete their mission or the fate of mankind would be compromised.
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