いかなる国家にも属さない対テロ傭兵組織“ミスリル”のエージェント相良宗介は、日本の高校に転入生として潜入し、女子生徒の千鳥かなめを護衛するという極秘任務を命じられる。“ウィスパード”と呼ばれる特殊能力者である彼女は、各諜報機関やテロ組織の標的にされていたのだ。戦場育ちの宗介は学園生活に悪戦苦闘しながらも、かなめとの友情を育んでいく。だが、修学旅行中の旅客機が何者かにハイジャックされてしまう。
이야기는 한 소녀의 도주 장면에서 시작된다. 적의 군용 헬기에서 그 소녀를 구한 것은 평화유지 활동을 하고 있는 비밀 조직 '미스릴'소속 중사 사가라 소스케. 암 슬레이브라는 인간형 이족보행 병기 'M9(건즈 백)'에 탑승한 군인이었다. 구출한 그 소녀는 '위스퍼드(속삭임을 듣는 자)'로, 존재하지 않는 기술 '블랙 테크놀로지'를 가지고 있는 인간이었다. 한편, 사가라 소스케는 새로운 임무로 여고생 '치도리 카나메'의 호위를 맡게 된다. 그녀 역시 블랙 테크놀로지를 가진 '위스퍼드'. 그녀의 능력을 노리고 있는 비밀 조직 '아말감'으로 그녀를 보호하라. 그런 사가라 소스케의 앞을 가로막은 것은 과거의 원수인 '가우룽'이었다! 그는 암 슬레이브를 자유 자재로 구사하며 서서히 사가라 소스케와 치도리 카나메를 몰아가는데...
Shikidouji, the illustrator of Shoji Gatoh's Full Metal Panic! light novel series, revealed that production has been green-lit on a "director's cut" version of the first Full Metal Panic!! television anime series from 2002. The director's cut will consist of three films. The announcement does not state if the film trilogy will add new footage. (Source: ANN)
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