かつてこの世の全てを手に入れた海賊王ゴールド・ロジャーが遺した「ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）」をめぐり、幾多の海賊たちが覇権を賭けて争う大海賊時代。 そんな時代に生まれ、幼い頃の命の恩人である海賊赤髪のシャンクスに憧れる少年モンキー・D・ルフィは、「ゴムゴムの実」という悪魔の実を食べてゴム人間となり、その副作用で泳げない体になりながらも、海賊王を目指して仲間と共に冒険と戦いを繰り広げていく。
野心的なセレスティアルウィザードであるルーシーは、（不）有名なウィザードギルドであるフェアリーテイルの一部である強力なウィザードのナツ、グレイ、エルザの友人であり、味方になります。
主人公のゴンは幼少期に両親と別れ、父親ジンの親戚で幼馴染でもあるミトとその祖母の元で育てられた。ゴンはミトに「父親はあなたが小さい頃に死んだ」と聞かされていたが、あるきっかけでカイトと名乗るハンターと出会い、ジンが生きていること、彼が優秀なハンターであることを知らされる。これを期に父の存在が気になり始め、父に会うべく、自分もハンターになるためにハンター試験を受けることを決意し、旅立つところから物語が始まる。