磁力兵器を使った最終戦争が起こり、地球の地軸は狂い地震や大津波が襲って来て、長い間栄えてきた文明はいっぺんに崩れ、世界中のほとんどの人間は死んでしまいます。物語はそれから20年後の孤島で始まります。コナンがおじいと二人で暮らしていたところへ、一人の少女が流れ着きます。それまで地球で生き残っていたのは自分たちだけだと思っていたので大喜びしますが、そこへ科学都市インダストリアからモンスリーたちがやって来て少女ラナを連れ去ります。その時の争いでおじいは亡くなってしまいました。悲しみを乗り越え、コナンはラナを救うため旅立ちます！
2008年に勃発した世界戦争により、地球が変貌を遂げてしまった20年後の世界。野生児コナンとおじいの暮らす孤島・のこされ島に、ある日不思議な少女ラナが流れ着いた。二人に助けられたラナはコナンと仲良くなるが、旧時代の文明を誇示して世界の派遣を狙う「インダストリア」の工作員・モンスリーたちによって連れ去られてしまう。そのときの争いでおじいをなくしたコナンは、ラナを追ってのこされ島を後にする。ラナは太陽エネルギーの秘密を握るラオ博士の孫であり、太陽エネルギーを支配しようとする「インダスリア」の行政局長レプカに追われていたのだった。ラナを救うために立ち上がったコナンの冒険の旅が始まった。
コナンたちの活躍により平和を取り戻したインダストリア。しかし密かに生き延びていたレプカは、世界を手中にするためラオ博士が復活させた太陽エネルギーを用いて、最後の切り札である旧文明の兵器ギガントを復活させてしまう。それを知ったコナンたちは、飛行機ファルコでギガントに接近し決死の進入を行う。第1作の劇場版で割愛されたギガントの登場シーン（24話～26話）で構成された劇場版第2作。