夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王:シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。そして今、運命の歯車が回りはじめる。
森羅学園中等部に通う少年・小山田まん太は、ある日の帰宅途中、墓場で幽霊と戯れる少年と出会う。少年の名は麻倉葉。彼は霊と様々な交流ができる者、シャーマンと呼ばれる者達の一人だった。彼は500年に一度行われるシャーマン同士の戦い「シャーマンファイト」に参加するために上京してきていた。シャーマンファイト、それは全世界のシャーマンを統べる「シャーマンキング」を決める戦いである。葉と友人になったまん太は、彼を通じて様々なシャーマンたちと出会い、その戦いを目撃していく。