スポーツ万能、 勉強嫌いで無鉄砲だけど人一倍正義感が強くクラスでも人気者の美墨なぎさ、 成績優秀で常にクラスのトップだが、 実は天然ボケの雪城ほのか、 ふたりは同じベローネ学院女子中等部の２年生。 なぎさとほのかはそれぞれ不思議な生き物メップルとミップルに出会う。 邪悪なドツクゾーンがメップルたちの故郷・光の園を襲撃し、 地球に逃れてきたのだった。 そして、 メップルとミップルによってなぎさとほのかは変身する能力を与えられ、 戦うことに… 趣味も性格も違うふたりは力を合わせてドツクゾーンから送り込まれてくる邪悪な敵に立ち向かう！ ！
日向咲はソフトボール部で活躍する元気印の女の子。新学期になったばかりのある日、咲はお気に入りの場所である大空の樹の下で、見慣れない少女と出会う。彼女は美翔舞、咲と同じ中学二年生だった。咲も舞も互いに過去に会った記憶があるのだが、どうしても思い出すことができない。その時、空から二匹のヘンな生き物が降ってくる。花の精・フラッピと鳥の精・チョッピだ。フラッピとチョッピの出現によって、咲と舞は初めて出逢った時の記憶を取り戻す。幼い頃の夏祭りの夜、二人は流れ星となって空を飛んでいたフラッピとチョッピを追って、同時にこの大空の樹の下に辿り着いたのだった。そこに謎の戦士・カレハーンが出現する。フラッピとチョッピを追ってきたのだ。痛めつけられるフラッピとチョッピを見た咲と舞は、渡されたプリキュアダイヤを使い、伝説の戦士キュアブルームとキュアイーグレットに変身する。精霊の導きのまま、今、戦いの幕が上がる！
みらいとリコ、モフルンは久しぶりに人間界（ナシマホウ界）を訪れ、プリキュアとしてより立派になるための秘訣を探ろうとするが、モフルンがクッキーの甘い匂いをかぎつけ走り出してしまう。2人が追ってみるとそこには、他のプリキュア達と花見をするために待ち合わせ場所に行く途中の春野はるかとその仲間達がいた。リコがうっかり魔法を使ってしまったため、みらいは焦りはるか達は驚くことになる。 そこへ、はるか達プリンセスプリキュアが倒したはずの魔女ディスピアが出現して暴れ出す。みらいとはるか達6人は変身してひとまず撃退するが、今度は魔女ソルシエールの手下であるトラウーマが現れ、「プリキュアの涙」を要求する。ある目的の為に「プリキュアの涙」を用いた秘薬を作ろうとするソルシエールは、プリキュア達の記憶を探ってディスピアを初めとする歴代敵組織の首領の幻を作り出し、プリキュア達を捕えて幽閉していた。ミラクルとマジカルは戦うが、ソルシエールによって異世界に飛ばされ、離れ離れにされてしまう。 「ハピネスチャージプリキュア」や「ドキドキ!プリキュア」とも出会い、それぞれ戦うミラクルとマジカルだったが、プリキュアになりたてで戦いに不慣れな2人は集中して狙われてしまい、くじけそうになる。しかしミラクルは妖精のルルンの「ブラックたちを助けてルル」と涙ながらの訴えを聞き、マジカルはキュアエコーからの励ましを受け、さらに奮闘する先輩プリキュア達を見ることで「くじけない心」を知り再び立ち上がる。 そんな状況の中、少女の歌声が聞こえてくる。それは最初の戦いの時から聞こえてきた不思議な歌声だった。その歌声を追っていくうちにいつしかミラクルもマジカルもその歌を口ずさみ、やがて合流した2人は、ソルシエールの屋敷へとたどり着く。だがその時、他のプリキュアは全員囚われの身となっており、さらにトラウーマは主人のソルシエールとは別の思惑で、恐るべき計画を進めていた。
ほのぼのカラオケ大会」に出場する約束をした咲と舞だったが、寝坊した咲が大遅刻し、舞が待ち合わせ場所をいったん離れたことで、二人の気持ちがギクシャクしてしまう。 結局遅刻してしまったものの、受付のスタッフに頼み込んで何とかカラオケ大会への出場を認められたが、咲のマイペースさや、舞の生真面目さから亀裂は深まるばかり。気まずい雰囲気の中、お互い謝る様子もなく時は過ぎる。そんな不安定な状態でステージに上がった2人は大勢の観客の前で緊張してしまい、ついには「時間よ止まれ!」と心の中で願う。すると、本当に町中の時間が止まってしまった。 咲と舞は、時計の郷から突然飛ばされてきたアワーズとミニッツという精霊の後をついて行き、その原因となっているという「時計の郷」へと引きこまれてしまった。 時計の郷ではダークフォールの住人であるサーロインという男が、時間を止めて世界を征服しようと企んでいた。プリキュアに変身して戦う二人であったが、心の噛み合わない2人はサーロインに手も足も出せず、永遠の迷宮に閉じ込められ、ムープとフープとも離れ離れになってしまう。 出口の見えない迷宮と、ムープとフープの身を案じるが故の焦燥感から、すれ違いはピークに達する。そして、最初に目指す目標の相違から2人はついに別行動をとろうとするが、その最中突如出現したウザイナーにより、2人は本当に離れ離れになってしまった。 お互いの安否すらわからなくなり、それぞれ意地の張り合いを後悔する2人だったが、その心の迷いからついに変身すらも解けてしまう。 「もう絆を取り戻すことは無理」と絶望する2人だったが、妖精達は2人を励まして説得し、もう一度互いを信じる気持ちを取り戻させる。ウザイナーの追撃もかわして時計の郷に戻る咲達だったが、再びサーロインによって封じ込められてしまう。しかし2人は自分の悪かったところを反省し、お互いに「ずっと共に過ごしたい」という気持ちを明かし、もう一度プリキュアに変身した。 絆を取り戻した2人の猛攻にサーロインは逆に追い込まれ、ついに巨大な猛牛の姿となる。しかし時計の郷の精霊の力と、絆を取り戻したプリキュアの前に敵わず、その力の前にサーロインは完全消滅した。全てが終わり、咲と舞はカラオケ大会の会場に戻り、もう一度挑戦し直すのであった。
友達のためならどんな苦労もいとわない主人公・ラブ。彼女が憧れのダンスユニットのステージを見ていると、そこに謎の怪物が。しかしラブはなぜか伝説の戦士・キュアピーチに変身。ここから謎の国家・ラビリンスと4人のプリキュアの戦いが始まった。
「心の大樹」と「砂漠の使徒」…正義と悪の2つの存在は、長年にわたって抗争を続けていた。「心の大樹」は悪の力に対抗するため、妖精を派遣してプリキュアを生み出していた。つぼみ、エリカ、いつき、ゆりの4人が、時のプリキュアとして悪を討つ！
いつも明るく前向きな、どこにでもいる普通の中学生だった少女・夢原のぞみは、パルミエ王国の妖精・ココとの出会いからプリキュア・キュアドリームとして仲間とともに戦った。時は過ぎ、大人になったのぞみたちの前に、人間を襲う謎の影・シャドウが現れ…？
夢原のぞみは、サンクルミエール学園に通う中学2年生。ドジだけど明るくて心優しい、いつも前向きな女の子です。ある日、図書館で不思議な本・ドリームコレットを見つけたのぞみは、パルミエ王国からやって来たココと出会います。ココは邪悪な組織・ナイトメアに滅ぼされてしまった故郷を元の姿に戻すため、どんな願いも一つだけかなえる力を持つというドリームコレットを探し続けていたのです。ただし、願いをかなえるには55のピンキーを集めなければなりません。しかも、ドリームコレットを狙うナイトメアが、次々と恐ろしい刺客を送り込んできます。ナイトメアに立ち向かうことが出来るのは、ピンキーキャッチュで変身したプリキュアだけ…ちょっとこわいけど、困っているココを放っておくわけにはいきません。仲間を集めて、頑張ることにけって～い！
