キャッツアイは謎の女怪盗集団。犬鳴警察署の刑事・内海俊夫は、いつもキャッツアイの逮捕に失敗し、上司に怒鳴られ、左遷の危機にもあった。そんな俊夫の恋人で、俊夫の勤務する署の前でこの怪盗と全く同じ店名の喫茶店を営む来生瞳は、いつも俊夫の愚痴を聞いては叱咤激励している。だが、瞳ら来生三姉妹こそ、キャッツアイの正体だった。 キャッツアイのターゲットはミケール・ハインツというヨーロッパの画家の作品や遺物ばかりなのだが、そのハインツとキャッツアイとの間にはある接点があった。
1981年、東京。昼は喫茶店を営み、夜は怪盗キャッツアイとして世間を騒がす美人三姉妹、瞳・泪・愛は、美術展から一枚の絵画を盗み出す。同じ頃東京に現れた、神出鬼没の大泥棒・ルパン三世。彼もまたとある武装組織を出し抜き、絵画を盗むことに成功した。両者が盗んだ絵はどちらも、画家ミケール・ハインツの描いた作品――三連作「花束と少女」の一枚。キャッツ三姉妹にとっては、父であるハインツの消息を掴むための重要な手がかり。伝説的な泥棒の“獲物”が自分たちと同じであると知った彼女たちは、その眼差しに美しい闘志を宿す――
裏社会ナンバーワンの腕をもつシティーハンター冴羽獠は、普段は新宿に事務所を構え、相棒の槇村香と様々な依頼を受けている。 そこに、何者かに襲われたモデル・進藤亜衣がボディーガードを依頼にやってきた。 美女の依頼を快諾した獠だが、撮影スタジオで更衣室を覗いたり、もっこり全開のやりたい放題…。 亜衣がキャンペーンモデルを務めるIT企業の社長・御国真司は、なんと香の幼馴染。 撮影現場で久々に香と再会した御国は彼女をデートに誘う。 しかし、獠は香に無関心で亜衣にスケベ心丸出し…。 一方、海坊主と美樹は傭兵が新宿に集結する、という情報を入手した。そして、傭兵達は何故か亜衣を狙うのだった… 敵の正体を探る冴子が直面する巨大な陰謀！ 来日する大物武器商人・ヴィンス・イングラードと最新兵器―― 御国の登場により、すれ違う獠と香。 シティーハンターは亜衣と新宿を護りぬくことができるのか！？