侍の国…この国がそう呼ばれたのも今は昔の話。江戸時代末期、宇宙からやってきた「天人（あまんと）」の台頭と廃刀令により、侍は衰退の一途をたどっていた。かつて攘夷志士として天人と最後まで戦い「白夜叉」と恐れられた坂田銀時も、今は腰の刀を木刀に持ち替え、かぶき町の便利屋＜万事屋（よろずや）銀ちゃん＞を呑気に営む日々。そんな彼の元に、かつての同志である桂小太郎が消息不明になり、高杉晋助が挙兵し幕府の転覆を企んでいるという知らせが入る。事件の調査に乗り出した万事屋メンバーの新八、神楽の身に危険が迫ったとき、銀時は再び剣をとる。進む道、戦う意味を違えたかつての同志と対峙し、己の魂と大切な仲間を護るために。
時は幕末—— 地球人と宇宙人・天人が共に暮らす江戸・かぶき町。仕事がなく金欠の＜万事屋（なんでも屋）＞メンバー＝銀時、新八、神楽は、キャバクラに床屋とバイトを始めるが行く先々で将軍・徳川茂茂に出くわしてしまい、打ち首覚悟で接待する羽目に。その頃、真選組始まって以来の大事件が勃発！局長・近藤勲の暗殺計画が企てられ、副長・土方は第２の人格＝へタレオタク“トッシー”に体を乗っ取られ真選組を追われてしまう。犬猿の仲の銀時に頭を下げて助けを求める土方だが、裏では、銀時の因縁の相手・高杉率いる鬼兵隊が将軍・徳川茂茂の命を狙い、幕府の転覆を企んでいた。果たして銀時は、江戸の町を守れるのか！？